宋、辽、金、元四朝，战争频繁，社会动荡，百病丛生，急需解决疾病的治疗是当时医学界面临的最迫切问题。所以，气功虽已不象汉唐时期那么盛行，但并没有被排斥在医界正宗之外。金元时期医学界四大名医之一、寒凉派代表人刘完素在他的《素问病机气宜保命集》中就有气功养生的记载：“吹嘘呼吸，吐故呐新……此皆修真之要也”。金元四大家之一的李东垣也认为：“夜半收心静坐少时，此生发周身血气之大要也”。他还主张“安于淡泊，少思寡顾。省语以养气，不妄作劳以养形，虚心以维神”。另外，攻下派的张子和也将导引吐呐列为治病方法之一。

　　明至清末，气功在医学界更受重视，气功养生的著述也较多。明代名医张景岳在《类经》一书里，对气功有正确的评价，并且涉及了气功和药物的长短所在。他说：“……虽轩歧之教，初未尝废恬淡虚无，呼吸精气之说，然而缓急之宜，各有所用，若于无事之时，因其固有而存之养之，亦是为却病延年之助，此修养之道，而能及其妙者，固不可不知也。至于疾病既成，营卫既乱，欲舍医药，而望其可除，无可复，则无是理也”。对气功的具体做法，张氏认为“其下乎功夫惟《蒋氏调气篇》、《苏氏养生诀》、《李真人长生十六诀》皆得其法，足为入门之阶。”

　　宋代的《圣济总录》载有“以意气攻病法”，曰：“其有宿患，但用意并气，法之患处，不过三五日，必愈。若四肢有患，亦可想气以攻之，其病随散。”这种疗法，清代医家称为“运气法”。清代名医张志聪对“运气法”深有体验，他曾用此法攻除自身的痈毒。

　　此外，明清医家如李士材、龚廷贤、龚居中、李时珍、沈金螯等对气功疗法均有论述，不胜枚举。